Mgr. Paskalis diakui karena kepemimpinannya di dalam Ordo Fransiskan. Pada tahun 2001, ia terpilih sebagai Provinsial OFM untuk wilayah Indonesia, dan melanjutkan jabatan ini hingga 2009. Tahun 2009, ia diangkat menjadi Definitor General O.F.M. untuk wilayah Asia dan Oseania, yang berbasis di Roma.
Pada 21 November 2013, Paus Fransiskus menunjuk Mgr. Paskalis sebagai Uskup Bogor, menggantikan Mgr. Cosmas Michael Angkur, O.F.M., yang pensiun. Ia ditahbiskan sebagai Uskup pada 22 Februari 2014 di Sentul International Convention Center, Bogor, dengan moto “Magnificat anima mea Dominum” (Jiwaku memuliakan Tuhan), sebagai wujud penyerahan iman total kepada Allah.
Dipercaya sebagai Sekretaris Jenderal Konferensi Waligereja Indonesia
Selain sebagai Uskup Bogor,beliau juga dipercaya sebagai Sekretaris Jenderal Konferensi Waligereja Indonesia (KWI) dan Ketua Komisi Kateketik KWI. Ia memiliki perhatian khusus pada pastoral keluarga dan pemberdayaan katekis muda. Pada 6 Oktober 2024, ia diumumkan sebagai salah satu dari 21 kardinal baru oleh Paus Fransiskus, menjadikannya sebagai kardinal pertama yang berasal dari Nusa Tenggara Timur.
