Pembentukan Keuskupan Labuan Bajo, lahir dari ide konkret keputusan sinode III Keuskupan Ruteng tahun 2021 tentang perlunya pemekaran Keuskupan Ruteng. Tindak lanjut dari putusan sinode tersebut, maka pada tanggal 30 Maret 2022 dalam misa para imam Projo Keuskupan di Ruteng uskup melakukan siaran Pers tentang pembentukan Keuskupan Labuan Bajo.
Pasca keputusan tersebut, Uskup Ruteng, Mgr Siprianus hormat, Pr yang merupakan inisiator pembentukan keuskupan Labuan Bajo terus menunjukkan komitmennya dengan mengajukan proposal pembentukan wilayah keuskupan baru ke Vatikan di Roma tahun 2021.
Gayung bersambut, proposal tersebut diterma Propaganda Fide dengan respon yang cukup positif.
